Conhecida popularmente como Capela de Fandinhães, este imóvel começou por ser igreja própria da estirpe de um arquidiácono de Viseu, cuja linhagem, em 1258, detinha o padroado. Todavia, desta primitiva igreja apenas resta hoje a capela-mor.
A evolução das paróquias terá sido, aparentemente, a principal razão para o seu estado atual: esta localizava-se na pequena paróquia de Fonte de Cova, com os lugares de Fandinhães, Ambrões, Mourilhermo e Paços de Gaiolo.
Sucede que o lugar de Fandinhães situa-se numa serra, a 500 metros de altitude, e o crescimento demográfico no lugar de Paços de Gaiolo, disposto num local mais ameno e central, e o aparecimento aqui da Ermida de São Clemente poderão ter provocado a perda de importância de Fonte de Cova a favor de Paços de Gaiolo.
Embora alguns autores citem 1873 como o ano do desmantelamento da nave da igreja, ocorre que já em 1864 ela se encontrava mutilada e a estrutura excedente (capela-mor) em estado degradado.
Estando em ruína, procedeu-se ao seu desmantelamento e ao reaproveitamento da pedra para ampliar a atual igreja paroquial da freguesia. Contudo existe a perceção, em vários investigadores, que a igreja edificada durante a época românica não teria sido concluída totalmente.
Como uma das possíveis causas para o seu não acabamento pode ser referido o anteriormente descrito: os aldeamentos de maior altitude, como Fandinhães, terão começado a perder interesse a partir dos tempos românicos, a favor de outros em locais de baixa altitude, perto de cursos de água, fomentando a deslocação das populações para estes locais e, neste caso particular, para Paços de Gaiolo. No entanto, ainda não existem dados concretos que sustentem esta tese.
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